玛雅文明被发现以来，引起许多学者的注意，他们纷纷涌向这片茫茫的绿树的海洋中，去寻找文明之岛。经过多年的调查、研究，发表了不少著作，但是有两个根本性问题百思不得其解，成为待解之谜。
玛雅文明遗址这么多，而且水平相当高，不要说在西半球属于佼佼者，就是在东半球亦属相当高的水平。因此，人们提出该文化是起源于当地，还是由外地传入？
坚持起源于当地的一派认为玛雅与旧世界远隔重洋，在当时航行技术条件下是难以交往的。就文化本身讲，亦颇具特色，只能是当地起源。另一派认为从玛雅文化历史看，不会突然出现这么高的水平，加上金字塔在该文化中的特点，因而认为是受埃及影响而发展起来的。由于金字塔不论材料、形式和功能与埃及并不完全相同，加上当时信息如何传递问题没有解决，所以，玛雅文化当地起源说占优势。
挪威人类学家海尔达尔，从埃及墓室壁画上的芦苇船得到启示。按其形式制作芦苇船“太阳号”进行航行实验。第一次航行于1969年在横渡大西洋接近完成时，船毁于风暴。1970年，第二次航行顺利越过大西洋，到达巴巴多斯。这给持第二种观点的人增加了新的力量。
另一个谜是玛雅文化既然发展到这么高的水平，为什么又突然消失了呢？玛雅人有一种习俗，每隔20年竖立一个石柱，刻上铭文，并记上年代。在蒂卡尔城，最早石柱的年代是公元292年，最晚是869年。这说明该城衰落，后来被遗弃。无独有偶，科潘和巴伦克石柱最后年代分别为830年与835年，与蒂卡尔的非常接近。这充分反映了这三个玛雅重要城市的被遗弃是出于相同原因。
玛雅文化于10世纪传到尤卡坦半岛北部，建立了一些规模较小的城市，后又一个个消失了。其原因与前者相同还是不相同？究竟是什么原因使其深睡于无声无息的森林中，真是个待解之谜。
虽然许多学者作了不少调查、研究，提出许多假说，如气候变迁、水源被破坏、地震、瘟疫、战争、外族入侵、生态危机、地力耗竭，等等，但是都还未能圆满解答这个费解之谜。
对照埃及、巴比伦的情况，都是通过其古文字的被解而使其历史大白于天下。玛雅文字除刻在石柱与建筑物上以外，由于西班牙人把其当作异端而焚烧其书，现只有3本分别存于德国、法国与西班牙。尽管各方面学者努力，其符号至今只有1／4得解。所以玛雅文字的被解之日，也许正是玛雅文明兴衰之谜被解之时。
