明中期以后，随着商品经济的发展和政权的腐败，土地兼并、赋役不均、流民日增等社会矛盾日益突出。
明朝宣宗以后的皇帝，大多昏庸无能，穷奢极欲，致使朝廷纲纪日渐废弛，宦官专权不时出现。与此同时，社会商品经济却不断发展，土地买卖日益频繁。
在这种情况下，当时的皇室、宦官、勋爵、外戚及官僚等达官贵人凭借特权大肆兼井土地，兴建庄田，庶民之间的土地转移也空前频繁。这些庄田的数量是十分惊人的，比如，在嘉靖(1522年- 1565年)初年，北京附近的各类庄田就有20091928亩。万历(1573年- 1520年)时，神宗一次就赐给福王田地200万亩。一些官僚的占地也十分可观，比如嘉靖朝的首辅（明朝最高的官职，权力接近于以往的宰相）严嵩的家乡袁州，一府四县的土地，有十分之七都被他家霸占了。
大量的农民沦为无地的佃农甚至流民。明初由于各项制度执行较为严格，赋役负担相对比较合理。随着官僚贵族大规模的土地兼并，特别是皇庄、王庄的急剧膨胀，国家税田大量减少，到16世纪初，税田比洪武最多时减少了一半，但赋税总额却只减少了十分之一，这样普通百姓的赋税负担无疑大大加重了。
不仅如此，一些乡绅和豪强地主还利用各种特权采用种种手段将官府分派下来的赋税转嫁到普通民众身上。比如把自己的土地的赋税分成细数，洒派给其他在籍农（叫作飞洒）；或者将自己的土地假托于逃户、绝户名下，借以免去赋税（叫作诡寄）。
而且，明代的各级官员以及取得生员（即秀才）以上功名的人都有免除徭经的特权，对于民户，明初虽然规定以丁粮多寡为依据进行征派，但后来，一些富户往往用捐纳（用钱买官和功名）、行贿等手段加以逃避，使徭役也基本压在一般百姓头上。
同时，由于官场奢侈浪费、军费开支不断增多等原因，国家财政往往入不敷出，于是朝廷就巧立名目，加征加派。嘉靖时，以“加派”、“提编”等名义向江浙等地增派赋役银160多万两。万历时，加派的“辽饷”多达520万两。
这些导致了社会贫富悬殊不断加剧，一些小民承受不起过重的徭役负担，不得不四处逃亡。再加上当时人口增长速度较快，流民问题便自然而然地突出了起来。从15世纪30年代开始，全国各地纷纷出现农民大量逃亡的事件，在此后的几十年中，流民人数达几百万之众，并逐年增多。这些流民有的进入山区，屯聚开荒；有的投身矿业开采；有的为作坊主招纳，成了手工业工人；有的流入城市，或从事商贩、运输等职业，或沦为乞丐或无赖；也有的占山为王，成为“盗匪”，甚至揭竿而起，发动武装起义。流民对社会的稳定造成了危害，但也促进了商业、手工业、服务业等行业的发展。
这些社会矛盾是在明初的社会经济制度和秩序不断遭到破坏的情况下出现并发展起来的，它一方面固然与政权的腐败直接相关，同时也是已有的制度不能适应明中后期商品经济迅速发展带来的各种变化所造成的，说明传统的农业社会体制和秩序已难以适应新的社会经济发展要求。由于明朝政府没能根据新的形势，重新制定出一套适应新的社会经济成分生长发育需要的制度，致使这些矛盾不断激化，最终导致了王朝的覆亡。
