改土归流的意思是指改土司制为流官制。又称土司改流、改土设流、废土改流，始于明朝中后期，是指将原来西南地区统治少数民族的土司头目废除，改为朝廷中央政府派任流官。
所谓“土”，是指我国封建王朝在一定的历史时代，对西南部的云南、贵州、四川、广西、湖南等一些地区的苗、瑶、壮、白、彝、藏等少数民族聚居地区推行的土司制度。而土司制度是由当地少数民族首领组成世袭的宣慰司、宣抚司、安抚司、镇府司、长官司等名称不同的统治机构。
土司制度是元、明、清三朝在西南和中东南少数民族地区实行的一种管理制度，它是由唐宋时期的羁縻州县制发展而来的，就是任命少数民族的首领为土司、土官。授予他们按照当地的传统习惯对所辖地区进行统治的权力．官职世袭，一句话，就是“以土官治土民”。在边境地区，朝廷甚至允许土司保有军队。
这些土司制度虽然接受中央王朝封赐的官爵名号，但因其治内的土地和人民均归其所有，实际上是割据一方的土皇帝政权。一些土司辖地数百里、拥兵以万计，对治下的人民取予随心所欲，生杀任性，残酷压榨，疯狂掠夺。所谓“流”，是指按照内地行政制度设立府、州、厅、县等，其长官由中央王朝派出流动官员担任，消除了世袭制和随心所欲的弊端。
随着西南各少数民族地区与中原地区政治、经济、文化等各方面联系的日益加强，土司制度越来越成为当地生产发展和社会进步的障碍，因而广大人民群众呼吁取消土司制度，改设内地流动官员制度，这也符合中央王朝消除割据势力的意欲。所以明朝前期就有的已进行了这一改变，到明末清初则普遍推行了这一改变。对此，时称为“改土归流”。改土归流是国家政治、社会的一大进步。
