关于玉门关所在地的问题，1907年，英国人斯坦因在中亚探险时曾在小方盘城北80多米处一烽燧中掘出些汉简，从简的内容判断，认为小方盘城即为玉门关。1944年，我国考古学家也曾在该处掘得汉简，上书有“酒泉玉门都尉……”字样，故也认为小方盘城即为汉玉门关。唐代的《沙州图经》记述玉门关“周回一百二十步，高三丈”，其记载玉门关之方位、周长、高度均接近小方盘城。
持反对意见的主要理由是未见关如此之小，特别是这么重要的关竟如此之小，太不像“关”。近年来，在小方盘城西11.5公里的马圈湾与盐池湾之间的戈壁上，距其北塞墙3米处的烽燧发现大量汉简，其上记载有关出入玉门关，玉门关候及其管辖范围和屯兵、屯田等活动。
根据此汉简分析，西汉时的玉门关关址似在马圈湾西南0.6公里的羊圈湾。现存的小分盘城似是西汉玉门侯官治所。东汉时，原玉门关废，迁至小方盘城西侧所建的南北向的塞墙上。隋唐时丝绸之路北经伊吾大道兴起，玉门关东迁至瓜州晋昌县境，即今安西县双塔堡附近。
当然玉门关位置问题的最终解决，还有待于今后的考古调查与研究。
