在太平军起义差不多的同时，皖北淝水和涡河流域的秘密组织“捻子”发动大规模起事，称“捻军”。“捻”是淮北方言，意为“一股一伙”。 早期捻子是向乡民募捐香油钱，购买油捻纸。后来，也有恐吓取财、勒索而实与盗贼无异的现象。越是荒年歉收，入捻人数越多，所谓“居者为民，出者为捻”，而清朝官方称之为捻匪。
捻军在皖、豫、鲁、苏、鄂、陕、晋、直（冀）八省活动，极盛时兵力达20万。
后来，张乐行率部分捻军渡淮河与太平军陈玉成、李秀成会师，接受太平军领导，配合太平军作战，但不接受改编。不久捻军出现分裂，大部分返淮北，只有张乐行等少数留在淮南，还有一部分转战河南、山东。1862年秋，清军大举进攻，张乐行被叛徒俘送清营。
天京失守后，太平军和捻军的残部合并为联军，赖文光被推为首领。以太平军军制重新整编，改为骑兵，在豫、鲁、苏一带流动作战，大有重整旗鼓之势。1865年5月，他们在曹州（今山东菏泽）歼灭官方所派的蒙古骑兵。于是，清廷改派曾国藩督湘军、李鸿章督淮军。
第二年联军又分为东西两军，赖文光等继续在中原地区活动，为东捻军；张宗禹等转入陕西联络回民起事，为西捻军。东捻军被李鸿章淮军围困在黄河南岸、运河东岸、胶莱河西岸和六塘河北岸一带，1868年初在扬州全军覆没，赖文光被俘。西捻军转战陕西后，改向东北挺进至保定，威胁北京，后进山东黄河以北、运河以东一带，被左宗棠、李鸿章军包围，1868年8月在茌平全军覆没。
捻军历时18年，波及皖、鲁、豫、苏、陕等10个省区，歼灭清军及地方团练十万余人，给清朝统治以沉重打击，但也给北方的老百姓带来了深重灾难。捻军在长期抗清作战中，形成一套独特的流动战法，常能克敌制胜，但其领导者政治目光短浅，未能形成集中统一的领导和指挥，军事上实行流寇主义，忽视建立巩固的根据地，后期又分兵作战，作战指导盲动，导致被清军逐个击破，最终落得全军覆没的下场。
