1644年，明王朝内外交困，终至灭亡。同年，清王朝入主中原，仍定都北京。
清王朝基本沿袭明代制度。朝廷祀典仿照前朝。同时，满族宫廷内举行萨满教祭祀。萨满教是一种崇拜多神的原始宗教。清官内廷萨满教祭祀的神灵有代表自然和祖先的神杆，还有释迦牟尼、观音菩萨、关圣帝君等。
清朝的宗教政策沿用明朝的方略，对传统的佛教、道教，实行严格的管理制度，一方面尊崇，一方面控制。清前期，国力强盛，佛教道教都有发展，修复旧寺，兴建新寺，寺庙总数超过明代的全盛时期。如：顺治年间，在琼华岛上修建白塔寺（今北海公园）；康熙年间，在皇城之内修建弘仁寺；雍正年间，整理刻印《大藏经》，共收佛教经典1670部，7240卷，分装724函；雍正年间，敕建云、雨、风、雷等道教坛庙；乾隆年间，修建万寿山上的大报恩延寿寺等。清中叶以后，国力日衰，佛教日益削弱。清道光年间，禁止道教天师晋谒皇帝，道教日趋民间化。
为安抚蒙古、西藏等地区的少数民族，清朝注意利用藏传佛教（亦称为喇嘛教）。清中前期，京城的藏传佛教势力虽不及元代，但比明末有所发展。清代京城陆续修建一些藏传佛教的寺庙，其中与民众性庙会相关的有：雍和宫、黄寺、黑寺等。
雍和宫，位于东城北新桥北，是京城最大的藏传佛教寺庙。雍和宫原为雍亲王府，乾隆九年（1744年），改为喇嘛庙，成为清政府管理全国喇嘛教事务的中心。雍和宫主要宗教建筑为天王殿、雍和宫、永佑殿、法轮殿、万佛阁等，将汉、满、蒙、藏等各族建筑艺术风格融为一体，巍峨壮丽。
雍和宫每年农历正月三十举行演鬼；二月初一清晨打鬼。循例为庙会期。打鬼，是汉族民间的俗称，喇嘛称为： “跳布扎”。“跳”是汉语，舞蹈之意，“布扎”是蒙语的音译，伏魔驱祟之意。喇嘛教的“魔”和“祟”，是指反对佛教的贵族和异教徒。“跳布扎”是喇嘛教利用大型宗教乐舞剧，向异教徒示威，使邪魔外道慑服。清康熙五十九年(1720年)，“跳布扎”的宗教仪式传到京城的黄寺。嗣后，雍和宫、黑寺、弘仁寺等喇嘛庙相继举行“跳布扎”。历代相传，沿袭成风，成为京城新春民俗。
雍和宫跳布札的仪式，由清朝皇帝主持，王公大臣云集，盛冠京华。打鬼日，雍和宫牌坊前，风味小吃和玩具摊商林立，游客拥挤，无立锥之地。清帝逊位后，由蒙藏院主持，仪式逐年从简，但慕名前来观光的中外游客云集，一时竟超过往昔。
黄寺，位于安定门外镶黄旗教场北。黄寺有西黄寺、东黄寺之分，二寺毗连。两寺殿宇皆以黄琉璃瓦覆盖，因而得名。附近居民皆称之为双黄寺。西黄寺建于清顺治九年(1652年)，是清政府为西藏达赖五世来京朝觐准备的住所。每年农历正月十五日开放一日，庙里喇嘛举行盛大的“善愿日”法会，“跳布扎”，送祟除邪。东黄寺无单独打鬼之举。
