明神宗即位时年仅十岁，生活需人照料，所以李太后陪着儿子住在乾清宫。李太后一生中有一大优点：教子严厉。尽管明神宗贵为皇帝，
但在李太后眼里，他始终是自己的儿子。明神宗有时不好好读书，李太后常罚其长跪，直跪到他承认错误为止。明神宗听了老师的讲课，回宫必须向太后复述一遍老师所讲的内容，否则不准吃饭。明神宗年幼贪睡，早朝常常起不来。李太后特别精心，五更时必至儿子床前将他唤起，穿衣、洗脸、吃早点，然后把他扶上龙辇，这才算了事。
一次，明神宗在西城宴会上饮酒，命内侍唱一支新歌。内侍记不住歌词，一再唱错。明神宗大怒，取剑欲杀之。左右劝解，方保住内侍的性命。死罪饶过，活罪难免。明神宗命人剪掉内侍的头发，以示惩罚。
第二天，李太后知道了这件事，一面传话给宰相张居正，让他在朝会上具疏切谏；一面召来明神宗，罚其长跪，指责他的过错，还令他草拟“罪己御札”。直到明神宗痛哭流涕，表示要坚决改错为止。皇帝乃天下之尊，像李太后这样严格要求皇帝、体罚皇帝的，历史上实属罕见。
万历六年（公元1578年），明神宗大婚，标志着他有了独立生活的能力。李太后郑重叮嘱张居正说：“我不能早晚陪着皇帝。先生受先帝之托，愿教诲皇帝，不负先帝与先生的友谊。”张居正谨遵李太后之嘱，当国十年，实行改革，使明朝的国力有所增强，出现了一些新的气象。
明神宗的长子朱常洛，乃是他与一宫女的私生子。因此，明神宗迟迟不立他为太子。李太后问其原因。明神宗说：“他是都人子。”李太后听后勃然大怒，斥责说：“都人子怎么啦？你也是都人子！”明神宗吓得惶恐伏地，久久不敢起立。当时，皇宫里都把宫女称作“都人”，李太后当初也属“都人”之列，所以才怒斥明神宗鄙视都人子的思想。由于李太后的坚持，朱常洛得以成为太子，后来当了一个月皇帝。
李太后晚年好佛，京师内外广建佛寺，动辄费钱巨万。张居正曾予劝止，但没能奏效。万历年间，李太后获得一系列的尊号，如宣文皇后、明肃皇后、贞寿端献皇后、恭喜皇后等。万历四十二年（公元1614年）去世，谥孝定真纯饮仁端肃弼天祚圣皇太后。
