在地方，路设提点刑狱司，为中央在地方各路的司法派出机构，其责任重在监察。州以行政长官为主审官，专职司法届官没司法参军和司理参军，分别掌管检法议罪和调查审讯。县则由知县亲主审判。
元朝司法机构，在中央没有刑部、大宗正府、御史台、宣政院等。大宗正府是由大理寺转变而来的，负责审理宗室及蒙古人、色目人案件，它既独立于刑部，又不受御史台监察，是为蒙古王公垄断的中央司法审判机构。宣政院是元朝最高的宗教管理与宗教审判机关。在地方，主要由行政长官兼理司法，路、府、州、县对杖罪以下案件可自行断决，徒、流、死罪经路申奏刑部。
