明朝中央司法机关为刑部、大理寺和都察院，合称“三法司”。明代刑部地位大大提高，成为主审机关，掌管中央与各省审判。大理寺则由以往的主审机关变为复核机关，一般不管审判。
刑部所审案件，均须移大理寺复核。都察院管“纠察”，即对刑部的审判和大理寺的复核进行监督。明代中央司法三机关分别从对案件的主审、复核和监督三个方面相互制衡，共同对皇帝负责，形成皇帝直接控制下的以皇权为中心的司法体系。地方司法机关分省、府、县三级，都是行政与司法合一的体制。
值得注意的是，明朝在普通的审判机关之外，又设了由皇帝贴身的禁卫军和亲近的宦官组成的”厂”、“卫”一类特务审判机构，这些机构直接听命于皇帝，恃势干预司法机关的审判，实是明代君主专制极权下司法体制的畸形化。
清承明制，中央司法机关设刑部、大理寺、都察院，清朝都察院的职权较明朝大些，除负责监督刑部、大理寺等司法机关的审判活动，参与会审外，还可受理官民冤案。都察院所属的京都、东、西、南、北五城察院对杖罪以下案件可以审结。地方司法机关则分为州县、府、省按察司、总督(巡抚)四级。
清朝一般司法机关无权审理满人案件，而由特殊的司法机关专门负责审理。清还设立了专理少数民族重大案件的理藩院，作为中央一级司法机关，下设理刑司，这一机构的出现，反映了清代司法管辖的深入和体系的严密。
