元朝蒙古贵族有做官的特权，无须通过考试，所以开国之初不重科举。中叶以后，为了笼络汉人，才开科取士。元朝科举每三年一次，分为乡试、会试、殿试三级。全国共设17个乡试科场，分布在京城、中书省直属行政区以及各行省的省治所在地。总共录取300人，其中蒙古人、色目人、汉人、南人各75名。会试在乡试次年举行，定额100人，蒙古人、色目人、汉人、南人各25名。次月举行殿试，分两榜公布，蒙古人、色目人为右榜，汉人、南人为左榜，各分三甲，赐进士及第(右、左榜各一人)、进士出身及同进士出身，并授以官职。考试时的命题答卷，基本上以程朱理学对儒家经典的阐释为依据。蒙古人、色目人必须以汉文应试，但试题较汉人、南人为易。元朝科举所录取的人数少于前代，进士的地位也要低于前代。
明代据元代科举命题取自朱烹《四书集注》之法，规定试卷应“代圣人之言”，以程朱理学观点指导作文。同时规定试卷须用八股文体写作，即将全文分为八个部分：破题、承题、起讲、入手、起股、中股、后股、束股，从起股以下，每部分用两排偶文字，限定字数，故称八股文，又名制义、时文。考试程序也更繁琐，增加各级预考，同时将学校与科举结合，所谓“学校储才，以应科举”。
清代科举制度与明代基本一致。以经义八股为考试内容的科举制度发展至清朝，弊端已暴露无遗。清初即有大臣建议改革，但清统治者为推行文化专制主义，将科举考试作为笼络汉族士大夫的手段和禁固知识分于思想的工具，除分满人、汉人两榜录取以优待八旗子弟外，余皆承明之旧。乾隆皇帝还指派学者方苞编定明清两朝名家所写八股文，定名《钦定四书文》，刊行全国，供赴考举子阅读。
