南北朝刘宋元嘉年间，设立了太医博士、太医助教等医官。隋朝创立了太医署，主要是一些太医们集中在一起办公的地方，相当于现在的医学教育行政机构。
隋朝的太医署有主药2人，医师200人，药园师2人，医博士2人，助教2人，按摩博士2人，咒禁博士2人。其规模不大，设置不全，所以只能算是医学校的初级阶段，并不能算正规的医学校。
唐高祖武德七年，在长安建立了唐太医署。唐太医署由行政、教学、医疗、药工四大部分组成，与现在医学院校的教育行政机构设置相类似。
唐太医署由皇家直属，设太医令2人，是太医署的最高行政官员，相当于现在医学院校的校长职务；还设立太医丞2人，他们作为太医令的助手。太医丞手下则有医监4人，医正8人。以上18人都是太医署的行政长官。
太医署分医学部和药学部，医学又分四大科：医科、针科、按摩科（包括伤科）和咒禁科。四科之中，医科最大，总共有164人。其中医师20人，医工100人，医生40人，典药2人，医博士1人，医助教1人。学生入学后，必须先学《素问》、《神农本草经》、《脉经》、《甲乙经》等基础课程，然后再分专业学习。学生都由太医署中的博士、助教教课。
针科共有师生员工62人，其中博士1人，助教1人，针师10人，针工30人，学生20人。针科学生先学医学基础理论，然后重点学习针灸专科。
按摩科共有师生员工36人，其中博土1人、按摩师4人、按摩工16人、学生15人，以学习按摩专门技术为主。咒禁科共有师生员工21人，其中博士1人、咒禁师2人，咒禁工8人，学生10人，主要学习道禁和佛教中的五禁。但该专业人数最少，影响最小。
太医署规定学生除了入学考试以外，月、季、年都有考试。对于学习9年仍不及格者，即令退学；考试成绩优良的，予以奖励，以保证学生的质量，并且可以及时发现人才。
太医署中，“凡医师、医正、医工，疗人疾病，以其痊多少而书之以为考课”。对于教师和教辅人员的考核制度，保证了师资队伍的质量，也保证了整个医学校的教育质量。
药学部虽然没有医学部大，但也有一定规模。药学部包括“府二人，史四人，主药八人，药童二十四人，药园师二人，药园生八人”。药学部还设有药园，所以当时不仅从理论上，还通过实践培养药学专门人才。
唐太医署为当时培养了不少医学人才，以后历代都设立类似唐太医署的医学校。宋代，把医学校划归国子监管理。国子监是当时主管教育的高级领导机构。宋代医学校的规模也有了扩大。元、明、清几个朝代的医学校都与唐太医署相类似，改变不大。
