军事医学始于古代。自从出现了战争，就产生了救护和医治战争中伤病员的需要，军事医学不是一个独立的医学领域，它是建立在一般医学及医学专科的基础上，并利用它们的知识和技术，从预防、诊断和治疗角度，保障军人的健康。
春秋战国时期，军队中已有巫医和方技，当与敌人作战时，便征用当地富室房屋。凡重伤士兵都安顿到临时组成的伤兵医院疗养。由士大夫家派人照料，每日以酒肉补养伤员，并经常派遣官吏巡视。痊愈后即造册上报，以便重新归队。
另外，春秋战国时代的诸侯将帅，为了取得战争的胜利，已经注意到应关怀士卒的健康。《吴越春秋》中，曾提到越王勾践在伐吴前，誓师时说：“士有疾病不能随军从兵者，吾子其医药，给其糜粥，与之同食”。
古籍《太平御览》载晋朝刘德“官至太医校尉”，《资治通鉴•晋纪》中记有武帝时程据为太医司马，又《晋书•刘曜传》所载刘曜被擒，石勒“使金疮医李永疗之”之事。可见5~6世纪时，朝廷已有专职治疗战伤的医生——金疮医。
北魏延昌元年（512年），“肆州地震陷裂，死伤甚多”，世宗下诏说：“亡者不可复追，主病之徒，宜加疗救，可遣太医、折伤医，并给所须之药救治”（《魏书•世宗纪》）。以上太医校尉、太医司马、金疮医和折伤医，可能都是当时的军医。
两晋南北朝时，帝王及将帅出征，也多派遣太医，或有侍医跟随。
历史上明文记载由医生对征募入伍士兵进行体检，首推齐东昏侯萧宝卷在位之时（499～501年）。史载，当时检查人丁是否可服兵役，不仅是医生，且有巫师在内。一方面，豪绅地主包庇应征募者逃役；一方面，巫医又借工作之便，勒索百姓钱财，放走合格的兵丁，而将有病、孱弱、贫穷的丁口充数。
