历史上，汉承秦制。汉初三公皆由开国功臣担任，武帝时丞相之职起用一些儒生担任，大权转移到内廷。
尚书台本是皇帝私府中收发文书的小机关，武帝之后日渐重要，丞相和御史大夫的一些职权逐渐转移到尚书台，尚书令的地位愈来愈高。正如《后汉书•仲长统传》中说：“虽置三公，事归台阁。自此以来，三公之职，备员而已。”
当时，三公的名称也有变化，东汉改为太尉、司徒(丞相)、司空(御史大夫)。九卿的名称也有变化，九卿之外又增加执金吾、将作大匠、大长秋三卿。执金吾掌京师治安，将作大匠掌宫室、宗庙、陵寝及其他土木建筑事宜，大长秋掌传达皇后旨意和宫中事务，是皇后的专职事务官。
汉代与秦代不同的还有三点，即武职较多，并增加了诸侯国职官和州刺史的设置。
汉代武职官员较多，汉高祖拜韩信为大将军，以后不设，景帝之后复设此职。将军皆有幕府，并配备长史、从事、中郎、掾、属等。车骑将军与卫将军掌宫卫，统领皇宫卫队。还有前、后、左、右将军。护卫都尉主管军政，校尉负责保卫京师的安全，属官有丞、司马。另外还有司隶校尉，专门督察京师中的奸滑不法分子。
汉武帝元封五年(公元106年)设十三州部刺史，由中央直接委派，专门督察地方贪官污吏，恶霸豪强，级别虽低(秩六百石)，而权力大，不管理地方行政事务，以六条诏书查郡国守相。
