国民党选择南京的原因主要是其政治与经济基础只限江、浙为核心的长江中、下游，控制范围名为统一全国，实则是半壁江山，偏安一隅。1927年4月17日，由于北伐军攻克南京，国民党中政会决定：国民政府于4月18日开始在南京办公。
同日，南京国民政府发表《建都南京宣言》。这样，便形成了宁汉对立的两个政权，实际上反映了国民党内部矛盾斗争的尖锐化。蒋介石为独揽党、政、军大权，摆脱武汉国民政府中左派的影响，并利用江、浙的地方势力，极力主张建都南京。后来，由于蒋介石在党内取得主导地位，两都并存局面于1928年2月结束。
由于北伐军于1928年6月进入北平，1928年12月29日，张学良在东北通电全国：“服从国民政府，改易旗帜”，使中国在形式上结束了军阀割据的局面，实现了统一，南京从此成为国民政府的首都。当时，有些人从防乱御侮出发主张定都北京。但是，蒋介石在北方既无政治基础，又缺乏地方经济势力支援，而且还处于帝国主义势力威胁之下，蒋不敢冒风险迁都北京，只好仍然立足于其政治、经济基础雄厚的江、浙核心之地的南京。
但是，南京离海不远。1932年元月，日军在上海发动“一二•八事变”，近在咫尺的南京政府不得不暂迁洛阳。1937年7月7日，日本制造卢沟桥事变，调集大批日军，向我国全面进攻。国民党政府在上海对抗日军的侵略，展开“八一三”抗战。到11月，阻止不了日军进攻，开始西撤，首都于1937年11月20日宣布迁往重庆（一度称为陪都）。但实际上，是先迁武汉再迁重庆。
抗战时期一度作为首都的重庆山城，历经重重困难，终于等来了1945年8月15日日本的无条件投降。在重庆7年多的国民政府遂于1946年5月还都南京。此时，由于东北的收复，北方形势变化，国人针对抗日战争胜利后的新形势，提出定都的新建议。其中北京、南京为首选之地，而武汉、西安甚至兰州亦在考虑之列。
直到1948年1月14日，由于当时的形势，国民政府未统一各说，明令定都南京，另以北平、重庆为陪都。可是，在不到一年后的1949年初，随着解放战争形势的迅速发展，南京已处于风雨飘摇之中，蒋介石被迫宣布“引退”。4月23日解放军渡过长江，解放了南京。国民党政府不得不逃离南京，先到广州，后又迁台北。
