朱元璋于1398年去世以后，因其长子早逝，皇位遂传于长子之子建文帝。建文帝的即位，使原来北方的诸藩王原为父守边变为为侄守边。这种关系的改变必然使彼此产生厉害的冲突与猜疑。结果，建文帝以削藩取消诸王兵权，以维护其皇位的稳定，却招来其叔燕王朱棣于1399年以“清君侧”为名出兵南下，1402年占据南京，登皇帝位。
朱棣虽然在南京登上皇帝宝座，却深知北方中心的危险。因此，他1417年开始营建北京宫城，1421年正式迁都北京，改称北京为京师；但应天仍保留为南京，作为陪都。这样，朱棣不仅使军事中心与政治中心相结合，避免分离的弊病，同时，朱棣可以返回其原基地，使皇位更为安定，且免去在南京那种始终存在并影响朱棣的“夺位”阴影。
明以北京作为首都，虽然表面看，与元以北京作首都一样，但其出发点却完全不同。元是以北京作为控制中原广大地区的前沿基地，而明则是以其作抗击与防守蒙古高原上军事力量南下的基地。
从以后的形势来看，明由应天迁往北京对明王朝的巩固与延续起了重要作用。例如：在瓦刺强大起来时，英宗出征，在土木失败、被俘(1449年)。随后瓦刺兵至北京城f，在于谦率兵坚决迎战之下，击退强敌，保卫了北京。如若首都在应天，瓦刺越过长城，进兵至北京，明难以全力对敌，不易化险为夷。如果北京不是首都，无天子守边的气势，明很可能失去半壁江山，形成新一次的南北对峙。
明为防守北方强敌，在长城及前沿地带驻下大量军队。特别是北京长城内外，大量军队的驻守，使军粮供应更加依靠南方漕运。可以说，没有大运河补给线的支持，北京的明王朝防守力量必然受到很大影响。
