民国初年，江南高僧发起的佛教革新运动波及北京，但终未能获得政府的有力支持。1915年10月，北京政府发布《管理寺庙条令》，明令取消中国佛教总会，并规定“遇有公益事业之必要得地方官之许可”，可以占用寺产，住持和尚可“由地方官训诫，或予撤退”。全国性佛教组织的瓦解，使各地侵夺寺产，毁灭佛像之风越来越盛。利用寺庙兴办文教公益事业，成为时代潮流。北京地区许多佛教寺庙被用于兴办学校。清初所建的三大寺庙之一普胜寺，民国初年香火断绝，于1915年被欧美同学会集资购买，改建为该会活动中心。
二、三十年代，京城佛教界兴办各种公益慈善事业颇有成效，推动了宗教的传播。仅1928年，北京佛教寺庙兴办的公益慈善事业就有，“果善寺设立第一平民小学，夕照寺设立第二平民小学，拈花寺设立工读学校，净业寺组织贫儿工艺院，嘉兴寺增设贫民纺织厂，永泰寺筹办女子工读学校”。这些济难、赈灾、办学、慈幼性质的公益事业，使佛教深入民心，信徒增多。随着佛教势力的复兴，有些衰败残破的寺庙被维修重建。
与一度有所复兴的佛教事业相比，道教在京城宗教的上层社会中，衰落较为迅速。北京道教庙观中最著名的白云观，影响力日益衰减，终于失去“全真第一丛林”的地位。它接受各地云游来京修道受戒的道士，到民国年间逐渐废止。白云观最后一次传戒仪式子1927年举行，此次受戒道士共计349名。
1928年，南京国民政府颁布神祠存废标准，严格限制道教的活动。该标准规定，应废除的寺庙有，日、月、火、五岳、四渎、龙王、城隍、文昌、送子娘娘、财神、瘟神、赵玄坛、狐仙等神灵祭祀。该规定同意保留的神祠有，伏羲、神农、黄帝、仓颉、禹、孔子、孟子、岳飞、关帝、土帝神、灶神、太上老君、元始天尊、三官、天师、吕祖、风雨雷神等。这一规定的存废原则，显然有自相矛盾之处。当时，国民政府的统治权威有限，实际并未落实执行。但国民政府对宗教的抑制政策，使传统宗教的社会地位日趋衰落。
京城许多著名的道教宫观香火中断。祀云神的凝和庙、祀雷神的昭显庙等，相继被北京教育学会等文教事业机构占用。城隍庙向例于五月初一至初十举行出巡庙会。届时秧歌、高跷等歌舞相随，所经街市，观者如潮。庙期，摊棚林立，热闹非凡。北伐战争后，此举遂废。庙宇亦被警察分驻所借用。崇元观自清末衰败，民国年间庙会绝迹。1931年，国民政府在此庙废墟上建立起陆军大学。
1937年，七七事变爆发，京畿燃起战火。战争震动整个京城，社会秩序失去常态，坛观寺庙也难免劫乱。西郊的妙云寺被协合医院占用，丰台的关帝庙成为军队的驻地。
