维吾尔、哈萨克、柯尔克孜、乌孜别克、塔吉克、塔塔尔等新疆突厥语族先民及居住在新疆塔城地区的达斡尔族先民，居住在新疆察布查尔锡伯自治县及伊犁河流域的锡伯族和满族先民都曾信仰过萨满教。
萨满教是原始宗教的一种晚期形式，因满一通古斯语族各部落称巫师为“萨满”而得名。该教形成于原始社会后期，具有明显的氏族部落宗教特点。各族间虽无共同经典、神名和统一组织，但彼此有大致相同的几个基本特征。他们都相信万物有灵和灵魂不灭，认为宇宙有上、中、下三界：上界为天上，神灵所居；中界为人间，是人和鸟兽所住之处；下界为阴间，是鬼魔和祖先神所在之地。人间祸福由神灵和鬼魔主宰，神灵赐福于人，鬼魔降祸于人。萨满（即“巫师”）通过巫术架设天与地、人与神之间的桥梁。他们笃信万物有灵，认为山川、河流、自然生物和天地间一切现象均各有专门的神灵掌管，人们只有依靠萨满借助于符咒、道术和祭祀、礼仪才能与神灵世界沟通。
萨满教作为一种宗教信仰，其影响一直存留至今。如维吾尔族民间为人驱邪治病时跳的“皮尔洪”舞，实际上就是古代萨满跳神舞。
哈萨克语称萨满教中的神职人员“萨满”为“巴克西”。民间“巴克西跳神”其实就是萨满教的巫术活动，这种活动至今有些地方仍存在。
萨满教在广大柯尔克孜族群众中影响最大，信仰时间最长。柯尔克孜人称萨满教神职人员“萨满”为“甘”。旧时，柯尔克孜人在精神上非常崇拜和依赖“甘”。西迁后改信伊斯兰教的广大柯尔克孜族群众，至今依然保留有不少萨满教的习俗。如广大农牧区的柯尔克孜人至今有不把灯火吹灭而令其自然熄灭的讲究，这是源于萨满教崇拜火神的遗俗。如今柯尔克孜人过纳吾鲁孜节的形式，仍按萨满教习俗过。
居住在新疆塔城地区的达斡尔人与居住在东北的达斡尔人一样，信仰过萨满教（清末起部分人改信喇嘛教）。达斡尔语称萨满教为“雅达干”。“万物有灵”、“灵魂不死”是达斡尔人的基本观念，其神被称为“翁果尔”。达斡尔人萨满教的主要宗教活动是跳神治病，祈求氏族平安繁荣，教习新萨满等。
居住在新疆伊犁地区的锡伯族和满族，在宗教信念方面，虽吸收了不同文化，有过多种宗教信仰，但历史上也在较长时间内信奉过萨满教。主要宗教活动也是由“萨满”担任“巫师”，为氏族成员跳神“治病”，为氏族举行祭祀祈祷仪式，为氏族成员求儿求女，保畜兴旺，保人平安等。
