咸丰帝死后，慈安居住在紫禁城内东路的钟粹宫，故又称东太后；慈禧居住在紫禁城内西路的储秀宫，故又称西太后。
清穆宗同治朝，名义上两宫太后垂帘听政，实际上是慈禧说了算。开始，慈禧在治国安邦方面确也表现出了一定的才干。她重用奕訢、曾国藩、左宗棠等一批具有真才实学的官员，镇压了太平天国革命和捻军起义，兴办洋务，创建工业，故有所谓的“同治中兴”之说。但是，由于慈禧权欲熏心，近乎疯狂，所以很快把国家推向了灾难的深渊。
清穆宗虽是慈禧的亲生儿子，但他是慈安抚养长大的，对于慈安的感情胜过对于慈禧的感情。慈禧对儿子极不放心，管束很严。为了监视皇帝的一举一动，她派心腹太监安德海守在皇帝身边，事无大小，随时报告。同治八年（公元1869年），安德海奉慈禧旨意，南下置办龙衣，沿途耀武扬威。山东巡抚丁宝桢将情况汇报宫中，得到慈安和清穆宗的批准，将安德海就地正法。慈禧事后知情，既怨恨皇帝，更怨恨慈安。
同治十一年（公元1872年），清穆宗十八岁。两宫太后为选择皇后又发生了冲突。慈安喜欢户部尚书崇绮之女阿鲁特氏聪明贤惠，意欲立她为后。而慈禧执意选侍郎凤秀之女，狡黠乖巧，能说会道，意欲立她为后。双方争持不下，只得由清穆宗自己决定。清穆宗遵从慈安的意向，选立阿鲁特氏为皇后。慈禧满肚子不快，强命将凤秀之女封为慧妃。通过选后，慈禧对慈安的怨恨转变为仇恨。
皇帝大婚后，理应亲政。同治十二年（公元1873年）二月，慈安、慈禧宣布取消垂帘，归政于皇帝。慈禧在清穆宗身边安插了新宠太监李莲英等亲信，处处设置障碍，迫使皇帝凡事都得请示母后，否则什么事也干不成。所以，清穆宗亲政只是表面现象，真正的权力仍掌握在慈禧手里。
清穆宗与阿鲁特皇后情深意笃。可是慈禧偏爱慧妃，竞命皇帝和皇后分居，减少接触。清穆宗生性懦弱，不敢违背母命，可是独居深宫，却又闷得发慌，于是堂堂一国之君，竟经常微服出宫，到酒楼、妓院去消磨时光。据说他染上了性病，同治十三年（公元1874年）十二月溘然而死，年仅十九岁。
光绪继位后，两宫太后第二次垂帘同第一次一样，实际上是慈禧一人垂帘，慈安形同虚设。慈安老实本分，其才能、心计远在慈禧之下。但因为她是清文宗的皇后，名号、地位均比慈禧尊贵。
开始，慈禧对慈安尚有几分敬畏，到了光绪朝，慈禧羽翼丰满，也就不把慈安放在眼里了，许多事都由自己做主，根本不和慈安商量。她的专横跋扈使得慈安心生怨尤。光绪七年（公元1881年）三月的一天，慈安为了警告骄纵的慈禧，遂将清文宗留下的那份密诏取了出来，摆在慈禧面前。
