继肃顺、慈安、奕訢之后，慈禧太后需要对付的又一个对手就是侄儿皇帝清德宗。她为了长久专制和独裁，不允许清德宗有独立的思想和人格，她要他成为一个奴化、驯服、没有意志、唯命是从的木偶皇帝。
为此她规定，皇帝每天必须进宫向她请安，如实汇报当天的大事小情。皇帝在宫中只能称她为“亲爸爸”，不称太后。她见皇帝，总是板着面孔，冷若冰霜，从无笑容，轻则斥责、喝骂，重则罚跪、鞭笞，极力显示无限的权威与尊严。
清德宗称慈禧为“亲爸爸”，文武大臣和左右侍从则称慈禧为“老佛爷”。这一称谓的发明人是太监李莲英。一年，北京一带数月干旱，按照惯例，慈禧举行仪式，向西天佛祈祷求雨。三天后，恰好下雨了。李莲英趁机献媚说：“呀，太后真了不得，连天上的佛爷都听您的话，您就像臣等的老佛爷！”从此，“老佛爷”便成了对慈禧的尊称。
清德宗生活在慈禧的严密控制之下，整日提心吊胆，诚惶诚恐。光绪十二年（公元1886年），按照垂帘之初的许诺，慈禧答应次年归政于皇帝。懿旨刚刚颁布，她又指使清德宗父亲等人，奏请太后继续训政数年。经过“不许”、“不从”之类装模作样的谦让，方“许之”、“勉从之”，办法是：“一切政事，恭候懿旨遵行”。也就是说，清德宗亲政，事事必须由慈禧定夺，他只是“遵行”而已。
光绪十四年（公元1888年），慈禧为了达到控制皇帝的目的，强迫清德宗立自家兄弟桂祥之女为皇后。次年，清德宗十八岁，举行大婚典礼。这时，慈禧再无任何理由继续垂帘听政了，迫不得已，只好宣布“撤帘”，归政于清德宗，转而在幕后操纵皇帝。
慈禧操纵清德宗主要通过三条途径：一是清德宗的皇后，她实际上是慈禧安插在皇帝身边的一个坐探；二是世铎、徐桐、孙毓汶等朝臣，他们都是慈禧的心腹，组成“后党”，严密控制着朝政中枢；三是李鸿章等地方实力派，他们的心目中只有慈禧，根本没有皇帝。心腹太监李莲英也奉命监视着皇帝的所有言行。
清德宗就是在这样的困境中亲政的。一方面，他受老师翁同稣的影响，很想干一番事业；另一方面，他受“后党”的钳制，什么事也干不成。诸如颁布政令、任免官员等大事，他虽然决定了，但若慈禧不同意，只不过是一纸空文。在后宫，清德宗对皇后毫无感情，一心眷恋珍妃、瑾妃姐妹，这更招致了慈禧的忌恨。
光绪二十年（公元1895年），中日战争爆发。清德宗在一些正直朝臣的支持下，极力主战，企图通过战争的胜利提高自己的声望。慈禧也是批准对日宣战的，但她不愿意清德宗因此得势，威胁自己的地位。她唆使“后党”成员设置障碍，干扰清德宗的部署，特别让负责军事和外交的李鸿章，按兵不动，不听皇帝调度。结果形成了这样的局面：凡皇帝赞成的，“后党”反对；凡皇帝急于要办的，“后党”故意拖延。战争的结局可想而知，清军惨败，以割地赔款的《马关条约》而告终。
