当时，魏皇帝尊奉释家，佛门俊才如林。光统律师和流支三藏二人，便是僧中的鸾凤。他们看到达摩大师演说佛道，常比手画脚同大师辩论，是非蜂起。达摩佛祖远振玄风，普施法雨，赢得了声望。而气量褊狭的两个僧人不堪忍受，竞相生起害人之心，几次在大师的饮食里施放毒药。到第6次放毒时，大师教化世人的因缘已尽，法教也有了传入。便不再自救，魏文帝大统二年(536年)十月五日，端坐圆寂。同年十二月二十八日，达摩安葬于熊耳山（今河南宜阳），人们在定林寺为他起了一座塔。
达摩祖师到中国开创了新禅法。这个新掸法经其弟子慧可等以下几代禅师的阐发，到惠能时正式形成禅宗。惠能法嗣神会，坚持南宗为禅宗正宗正统，认定自菩提达摩至惠能六代系一脉相承，从此菩提达摩被尊为东土禅宗初祖。其后智炬作《宝林传》，以西天佛祖传自迦叶至菩提达摩为28世，以后此说复为《景德传灯录》、《传法正宗记》等所采用。达摩的著作有《少室六门》上下卷，包括《心经颂》、《破相论》、《二种入》、《安心法门》、《悟性论》、《血脉论》6种。还有敦煌出土的《达摩和尚绝观论》、《释菩提达摩无心论》、《南天竺菩提达摩禅师观门》等，但大都系后人所假托。
云南省维西县塔城乡其宗村有一个著名的达摩师洞。村子东面约6公里处的高山，人称阿海洛山，因达摩祖师洞，又称达摩山。此山树木葱郁，山顶有巨型岩崖，达摩祖师洞位于崖壁上。此洞本为天生岩洞，藏传佛教传入后，民间传说达摩祖师在此山洞中面壁十年而成佛，在洞壁上留下面壁影像，地面留下顿足成洼圣迹，此洞由此便得名达摩祖师洞。大约在清初，信仰佛教的人们沿崖壁叠木为基，依洞筑成禅房数间，达摩祖师洞就成为佛教徒们朝拜的圣地和修炼的场所。
