1569年，海瑞调升右佥都御史，钦差总督粮道巡抚应天十府，管辖江苏、安徽两省南部大部地区。应天十府历来号称“鱼米之乡”，但实际上百姓生活异常困苦，江南粮差的繁重为全国之冠；土地集中的现象也十分严重。海瑞到任后决心改变这种局面。经过调查研究，他了解到多年来水利失修常发生水灾；同时大地主不仅过度剥削农民，而且侵占民田，兼并土地。当时江南最大的地主、前宰相徐阶一家占地多达两千万亩。对此，海瑞采取了断然措施：一是对太湖通海的主流吴淞江及其北面常熟的白茆河加以疏浚。吴淞江屡次疏浚屡次淤塞，于是海瑞以工代赈，进行了彻底修治，所需费用来源主要是各府州县的赃罚银两和请求朝廷留下苏、松、常三府漕粮改折现金后的差额，并未加重人民负担。既变水患为水利，也赈济了灾民；二是强令大地主侵占的民田退还给农民，并遣散了徐府大部分家奴。徐阶三个作恶多端的儿子，都被海瑞拘捕、依法予以制裁。其他地主豪绅见状，有的逃走，有的不得不依法退田。从而有效地打击了地主豪绅的气焰，改善了人民生活，安定了社会秩序。
