对太湖成因研究由来已久。古籍记载：太湖原是平原，树木葱茏，神龙出没其间，“龙斗于野”，“吐水成湖”。亦说太湖原是平陆，上面有个山阳县，由于洪水泛滥，全县沉入水底，成为太湖。当然，古老的传说并不能科学地解释太湖的成因。那么，太湖是怎样形成的呢?
对太湖形成、演变进行科学研究，以前较为一致的看法是太湖是由海湾泻湖逐渐演变而成的。认为太湖原是三角形的海湾，由于长江南岸的沙堤和钱塘江北岸的沙堤合拢随着泥沙不断淤积而把三角形海湾围成古泻湖，再经进一步淡化，演变成淡水的太湖。这就是曾被大多数学者所认可的泻湖说。
近几十年来，在太湖及附近的湖泊中，发现了大量人类活动的遗迹。如东太湖底发现6000—7000年前的稻谷、瓦片、竹器、纺轮等，这都说明了原来的太湖是一片沿海疏林草原地区，由于气候转暖，洪水泛滥，才积水于太湖洼地之中，逐渐形成太湖，才把人类活动遗迹淹没在水下。
若太湖原是海湾，然后演变成泻湖，随着泥沙淤积，面积缩小，慢慢演化成太湖，那就无法解释太湖湖底的人类活动遗迹。人类怎么可能生存于泻湖之中?由此形成了当前较多学者公认的洼地积水成湖说。
近年来，有的学者在太湖三山岛发现陨石撞击而成的击变岩以及太湖西侧圆弧形的外形等根据，提出了太湖陨击坑成湖说，认为太湖是由外来的巨大陨石撞击地球而形成的。
有的学者在太湖岛屿及周围，发现了河流的阶地及古河道遗址，提出了长江改道成太湖之说。这种说法目前也受到了很多重视，因为从太湖周围的地形特点来看，是有这种可能性的。
有的学者根据在太湖中发现火山喷爆活动，提出由于火山喷爆及地面沉降，形成太湖湖盆，进而积水形成太湖。目前，这种说法影响较小，但也有一定的道理。
