元朝对中国传统文化的影响大过对社会经济的影响。不同于其他征服王朝为了提升本身文化而积极吸收中华文化，元朝同时采用西亚文化与中华文化，并且提倡蒙古至上主义。例如极力推崇藏传佛教，在政治上大量使用色目人，儒者的地位下降以及元代前期长时间没有举办科举等。由于士大夫文化式微，意味宋朝的传统社会秩序已经崩溃。这使得在士大夫文化地位下降，属于中下层的的庶民文化迅速的抬头。这个现象在政治方面是重用胥吏，在艺术与文学方面则是发展以庶民为对象的戏剧与艺能，其中以元曲最为兴盛。
思想
元朝的思想上也是兼收并用的，他们对各种思想几乎一视同仁，都加以承认与提倡，”三教九流，莫不崇奉“。早在1234年赵复被俘到北方后，他就在燕京设立太极书院，讲授程朱理学，培养出一批理学家，使得理学得以北传元朝时，元帝尊重儒学，册封孔子为“大成至圣文宣王”，并且推崇理学为官学。元仁宗初年恢复科举，史称延祐复科，在《明经》、《经疑》和《经义》的考试都规定用南宋儒者朱熹等人的注释，影响后来明朝的科举考试皆采用朱熹注释。
理学在元朝还有一些变化，南宋时期即有调和程朱理学的朱熹与心学的陆九龄等两家学派的思想。到了元代，理学家大多舍弃两派其短而综汇所长，最后“合会朱陆”成为元代理学的重要特点。当代有名的理学家有黄震、许衡与刘因与调和朱陆学的吴澄、郑玉与赵偕，其中许衡、刘因与吴澄被誉称为元代理学三大家。朱学的后继者为了配合元帝的需求，更注重在程朱理学的伦理道德学说，其道德蒙昧主义的特征日趋明显。从而把注意力由学问思变的道问学转向对道德实践的尊德性的重视，这也促成朱、陆思想的合流。元代理学的发展，也为明朝朱学与阳明心学的崛起提供某些思想的开端。
由于元朝由蒙古人所统治，汉族士大夫基于异族统治的考量，在元朝初期大多分成合作派与抵抗派。合作一派是华北儒者如耶律楚材、杨奂、郝经与许衡等人。他们主张与蒙古统治者和平共存，认为华、夷并非固定不变，如果夷而进于中国，则中国之。如果蒙古统治者有德行，也可以完全入主中原。他们提倡安定社会，保护百姓，将中华的典章制度带进元朝，以教感化蒙古人。另一派是江南南宋遗民的儒者如谢访、郑思肖、王应麟、胡三省、邓牧、马端临等人。他们缅怀南宋故国，坚持民族气节。为了消极抵抗元廷，采取隐遁乡里，终生不愿意出仕的方式。并且以着述书籍为业，将思想化为书中主旨。到元朝后期，由于元仁宗实行延祐复科，恢复科举，及第者都感谢天子的恩宠，纷纷愿意为元廷解忧。元朝后期国势大墬，政治腐败、财政困难，使得当时士大夫如赵天麟、郑介夫、张养皓与刘基等人纷纷提出各种政治主张，或从弊端中总结经验教训。他们大多提倡勤政爱民、廉洁公正、任用贤才等措施。元末民变的爆发使得南方有不少士大夫出于自身利益考虑，镇压农民起义。在明朝建立后，少数元朝遗老纷纷归隐不出。
