镇江的文宗阁于咸丰三年(1853年)毁于大火，江苏扬州文汇阁的大观堂也在1854年毁于大火。文溯阁的《四库全书》于1914年（民国3年）袁世凯称帝前被运往北京，直到1925年段祺瑞上台，不久北京实权掌握在奉系军阀手中，杨宇霆等人怂恿张作霖将这套丛书运复原藏地，并责成奉天教育会代为保管，但《四库全书》已不成全书了，经检点发现遗失72卷。后经奉天教育会组织人重新补抄，花了一年时间才将其补齐，解放后国家为了保护此书的安全，特将这些书藏于甘肃省。文溯阁经过整修，也复原并向游人开放。
在文溯阁的东面有一座黄琉璃瓦顶的碑亭，亭内碑的正面刻有乾隆皇帝亲自撰写的《御制文溯阁记》，碑的后面刻有《宋孝宗论》。碑文记录了文溯阁的建阁经过和《四库全书》的收藏。
