历史上，这两个庙号通常是给开国皇帝的，宋朝之前的开国皇帝一般死后称高祖，如汉高祖刘邦、隋高祖杨坚、唐高祖李渊；宋朝之后的开国皇帝死后称太祖，如宋太祖赵匡胤、元太祖铁木真（成吉思汗）、明太祖朱元璋。刘邦既是汉高祖，也是汉太祖，太祖之于高祖同义，但也不完全是这样的，有时候太祖高于高祖的辈分，高祖是真正的开国皇帝，太祖则是为他奠定基础的父辈。
魏高祖曹丕追封其父曹操为魏太祖；隋高祖杨坚追封其父杨忠为隋太祖。有时，这一顺序又被颠倒过来，如晋朝开国皇帝晋世祖司马炎追封其父司马昭为晋太祖，其祖父司马懿为晋高祖。在五代十国时期，石敬瑭(892-942)为了称帝，建立政权，不惜认契丹的耶律德光为父，割让十六州给契丹，每年进贡大批财物，以儿国自称。死后的庙号居然也是高祖，这就有辱高祖的名号了。而石敬瑭的大将刘知远(895-948)割据一隅，建立弹丸小国，死后追封为后汉高祖。
历史上建立小朝廷称帝的、死后被封为“高祖”或“太祖”的还有：陈汉高祖陈友谅（1320-1363）、西太祖张献忠(1606-1647)、吴周太祖吴三桂(1612-1678)等。陈友谅是元末农民起义的领袖，他较早地举起了反元义旗，并且始终如一，为推翻腐朽的元朝统治立下了不朽的功勋。他于1360年称帝，建立大汉政权。1363年在与朱元璋决战鄱阳湖中死于流矢。
张献忠是与李自成齐名，且并肩作战过的明末农民起义领袖。他于1644年在成都称帝，建立大西政权。1646年末，清军南下，攻入四川，张献忠引兵抵抗，在西充凤凰山中箭而死。吴三桂本是明朝的将领，1644年降清，引清兵入关，被封为平西王。1673年叛清，发动三藩之乱，并于1678年3月在衡阳称帝，建立大周政权。同年8月病逝。
