云南水族信奉的是原始宗教，主要体现为自然崇拜、鬼神崇拜和祖先崇
自然崇拜
万物有灵观念在水族中极为普遍。水族认为神灵主宰着人的命运和吉凶祸福，尤重水神、地神、山神和树神等。水族多聚居在依山傍水的地方，对水的崇拜表现得尤为明显，二月二“祭白龙”和三月三“祭龙节”就是祈求水神保佑风调雨顺。山神是主宰风、霜、雪、雨的神灵，每个村寨都有祭山林，水族每年六月二卜二都要祭山神。每个村寨都建有土地庙安放土地神，逢年过节都要烧香祭祀。
水族崇拜巨石、大树。对古树、奇石、井泉往往要设祭供奉。禁止触摸、攀爬或砍伐他们所崇拜的巨石、大树，禁止在神树、神石附近大小便。水族相信通过敬献神石许愿后，疾病就会痊愈。
鬼神信仰
春节前或者平时村寨巾发生不好的征兆时，水族都要举行扫寨活动。届时村民用树枝封寨门，在寨门上打草标，以示禁止外人进寨。各家门口挂木刀，寨口插木标，3-7日内禁止外人进入。若出现怪异现象，往往要去求巫师占卜决疑。水族崇拜多神，富源水族信奉的鬼神已逐渐物化为“吞口”，“吞口”是挂在民宅门头上方正中的凶神恶煞的木雕人头，凸眼、犬耳、宽鼻、獠牙、咧嘴、伸舌，口衔一柄利剑，据说是鱼王变身。用不易变形、木质细柔的木头雕刻，以红、白、黑几种颜料彩绘而成。水族认为它能以毒攻毒、以邪压邪、抗避瘟疫、驱邪镇恶、常保平安。
祖先崇拜
水族认为祖先的灵魂会保护子孙后代，所以子孙要敬祭祖先的灵魂，以求平安。祭祖活动有“族祭”和“家祭”，祭祀时将祖先与儒家、道家、佛家的神佛结合起来祭拜。每逢节庆、嫁娶都要对祖先牌位焚香礼拜、敬献贡品。
水族村寨设有让共同的祖先——寨神居住的“老人房”，每年正月各村寨都要用鱼虾祭“老人房”。七月接老祖、送老祖也是祖先崇拜的具体表现，七月初一各家通过写牌位迎接祖先回家供祭，七月十四日晚烧纸钱送老祖。
