相传康熙年间，有个名叫雷允上的郎中从江西来到苏州，在苏州的观前街摆了个草药摊。雷允上为人老诚厚道，处处谦恭和气，生意越做越兴隆，渐渐成了富户。
有一年江南大旱，粮食歉收，饥民成群。雷允上叫伙计支起几口大锅，昼夜煮粥，舍饭舍衣，赈济饥民。
到了第四十九天，饥民们陆续散去。伙计收拾好锅碗瓢勺关上大门正要去休息，突然来一老头敲门。伙计告知粥已施完，老头依旧不依不饶，与伙计争吵起来。此时，雷允上正在照料因患喉症而多日水米未进的儿子，听见前院吵嚷，忙起身来到前院，问明经过后，好酒好菜招待老者。老者吃完后，对雷允上道：“今夜打扰掌柜，无物可赠，闻令郎患喉症日久，治疗无效，今我说一药物，服后即愈！”说罢，老者用食指蘸茶水在方桌上写下“珍珠”二字，然后飘然出门，转眼不见。
老者走后，外面又来一瘸腿老人，雷允上同样以好酒好菜招待，瘸腿老人饭饱菜足之后，用指头蘸水写了“牛黄”两字。就这样，一个刚走，一个又来，至午夜时分，共来六人，写了六种治喉病药物。雷允上第二天按方抓药，只两剂，就治好了儿子多日不愈的喉症。
雷允上知道遇上了神仙点化，于是依照六位神仙所写珍珠、牛黄、麝香、雄黄、冰片、蟾酥购置药物，研末制丸，广济天下。因药方系六个神仙所传，故定名“六神丸”。
