赤眉军是古代著名的农民起义军之一。赤眉军于王莽天凤5年（公元18年）在莒（今山东莒县）起事，首领为琅琊人樊崇，以泰山山区一带为根据地，与政府军对抗。几年之间发展到数万人，其中主要由农民组成，大多不识字，因此以口头传令为主。组织包括地位最高的三老、其次有从事、卒史等名称，大多延用汉朝乡官的名称。
刘秀起兵反对王莽时，赤眉军已经堪与官军匹敌。当时，王莽派十余万官军清剿，他们为了与官军区别，将眉毛涂红，因此称“赤眉军”。官军很强大，也没能把赤眉军消灭，反而让他们给灭了。
公元23年，更始皇帝刘玄已即位并攻入长安，赤眉军先是愿意降于更始，但双方随即再度开战，25年赤眉军兵分两路，由樊崇和徐宣分别率领，进攻关中，并拥立汉宗室刘盆子为帝，徐宣任丞相，樊崇因为识字，任御史大夫。随即赤眉军攻入长安，杀死刘玄。
刘秀称帝后，赤眉军便拥刘盆子为“建世帝”。对他们，刘秀不敢等闲视之，而作为当务之急，遣大将冯异征讨。
冯异通晓孙子兵法，有勇有谋，原为王莽郡吏，现在刘秀手下，屡立奇功，却谦逊得很，每当将领们争功的时候，他却独坐树下，人称“大树将军”，深受信赖。冯异征赤眉初师不利，两军相持60多天，几十次交战无法取胜。
27年正月，冯异收集散兵数万，与赤眉军约期会战。这回，冯异使计，预先派精兵强将打扮成赤眉军模样，埋伏在路旁。战斗时，冯异假装不敌。赤眉军见状，连忙调来大部队，想一举全歼，哪想伏兵突然杀出。
由于一样装扮，无法识别，赤眉军败退。冯异驱兵追击，刘秀也赶来亲征，赤眉军残余十几万全部投降，并向刘秀呈上传国玉玺，延续十年之久的赤眉军及建世帝至此告终。
