在经济方面，东晋庄园经济占据的比例比西晋更大。由于农业技术提升等因素，在侨姓世族与吴姓世族密集开发下，江南获得全面发展而繁荣兴盛，中国的经济中心也逐渐南移，后来才有大运河的出现。此外，手工业和商业方面也有长足进步 。
在农业方面，由于兵事将休，西晋废除屯田制，将民屯田给予农民，实施占田制及荫客制，并以课田法课税 。占田制及荫客制使世族占田有法可依，平民也拥有一定大小的土地，但世族大量并购土地的问题并未解决。虽然课田法使地租比曹魏时重一倍，但由于农民由赋税更重的屯田农民构成，所以负担比屯田制稍微减轻 。
早在孙吴时期，江南经济日益开发。当时吴姓世族即拥有众多的庄园。晋室南迁后，中原人口大量南迁，改善南方地广人稀的问题。侨姓世族大量开发无主地，建立方圆数十里至数百里的庄园，有效将劳动力组织起来。由于世族垄断土地，占夺田园山泽，使得贫富差距极大。所以王导曾于晋成帝咸和五年(330年)实施度田收租，以改变西晋时将田租与户调合一征收;咸康二年(336年)颁布“壬辰诏书”，禁止占山护泽。这些都意图减轻百姓负担 。
当时庄园除了有部曲、佃客外，还有门生及奴隶。中原人士带来北方精耕细作的技术，推广牛耕加快耕田速度。东晋南朝重视水利，代有修筑。最后，南方的水田普遍开发，农作物品种增加、生产量提高(如岭南地区一年可两熟)，长久下来使中国的经济中心南移。
手工业手工业主要由官府专营，设置少府及作部。冶炼业得到了发展，灌钢技术的发明，把生铁和熟铁混杂在一起，工艺简便，生产效率更高，钢铁的品质也更好。在热处里技术中发明了油淬，使铸铁可锻化，最后锻件成为主导地位。纺织业用麻织成的布，马钧改良纺织机，品种及品质皆提升。当时制纸业除麻纸外也利用藤做出“藤角纸”。纸张已经可作出雪白纸及五色花笺，到南朝完全替代竹简和绢锦。制瓷业在制成技术也有长足的进步，并广泛在南方地区扩散。例如浙江就形成越窑、瓯窑、婺州窑及德清窑。制茶业方面，由于晋代士人习惯饮茶并提倡以茶代酒，使需求提高，种植区域进展到东南沿海。造船业归官府管理，当时大船载重达万斛以上。由于江南水路繁多，所以十分兴盛。
商业商业方面，晋室南渡后，中原财富大多转移至江南地区，商业仍然兴盛，最大商业中心为建康、次为江陵。由于战乱与铜量不足，铸钱不足，币值处于混乱状态。贸易也有发展，南北互市和海外贸易主要由官府掌握，私人经营商业的很多，交易的大宗物品是粮食、布帛、鱼、盐等生活用品和一些奢侈品。广州海上贸易发达，进口明珠、翡翠、犀象、香料，出口以丝绸为大宗 。
