叶尼塞河深入大陆，其水量之所以如此之大，一方面是因为支流众多，另一方面也是因为沿岸降水不少，而且蒸发小，河水蓄积多。不过这些降水的形式主要并非雨而是雪，它占了全部水源的一半多，雨水约占1/3。
叶尼塞河位于亚洲北部，广阔的西伯利亚中部，也是南北走向的河流，它的源头又有两个：第一个是大、小叶尼塞河，这是源出于东萨彦岭和唐努乌拉山的两条小河，它们汇合后就是叶尼塞河。如果以大、小叶尼塞河为叶尼塞河的源头，那么叶尼塞河的长度约为4000公里；第二个源头是，叶尼塞河右岸有一条大支流，叫安加拉河，它一直可以延伸到贝加尔湖，过了贝加尔湖，又有一条河，叫色楞格河，它源于蒙古境内，长近1500公里，注入贝加尔湖，如果将它也算作安加拉河的一部分，从而也是叶尼塞河的支流的话，那么叶尼塞河就长达5500公里以上了，也称得上俄罗斯最长的河流了。
叶尼塞河的最上游是大、小叶尼塞河，它们在一个叫克孜勒的地方汇流后，就统一了名称，称为叶尼塞河。一开始，大、小叶尼塞河都是东西走向，汇合后不久，便转为南北走向，一直到最后注入北冰洋的叶尼塞湾。其实，我们也可以把叶尼塞湾看做是一条宽宽的河道呢——它又长又窄，作为河道虽然有些嫌宽，但作为海湾却又太细长了点儿。
叶尼塞河有大量的支流，左右两岸都有，只是左岸没有大支流，右岸就不同了，有安加拉河、石泉通古斯卡河、下通古斯卡河等，它们本身就是大河。
叶尼塞河及这些支流加在一起，总流域面积近260万平方公里，大部分位于支流绵长的右岸，这部分的水量也占了叶尼塞河总水量的80%以上。而叶尼塞河，就每年的入海水量而言，它是当之无愧的俄罗斯第一，每年平均流量近2万立方米／秒，每年注入北冰洋的水量超过600立方公里，比鄂毕河多1/3，是顿河的20倍。
依河谷地形、河床结构和水文状况，叶尼塞河的上、中、下游是这样划分的：从源头起到一个叫米努辛斯克的地方为上游，这里是左岸支流阿巴坎河的汇合处，长近500公里。在上游，一开始叶尼塞河是东西流向的，流经之处为宽阔的草原，河床宽300米左右，后来，在大、小叶尼塞河汇合后不久，它急转向北流去，在这里它横切一座叫西萨彦岭的小山脉，这里河谷相当窄，水深、流急，多险滩和瀑布。不利于航行，但有丰富的水力资源，已建成一些水电站。
从米努辛斯克以下，到安加拉河入口为中游。中游长近900公里，由于一开始就有左岸的大支流阿巴坎河注入，使河谷展宽至5公里，河床宽到半公里以上。不久就到了克拉斯诺亚尔斯克大水库，它长近400公里。流出水库后，河床仍宽达800来米，仍多急流与瀑布，这样直到安加拉河入口处。
