三令五申最早出自《史记•孙子吴起列传》：（吴王）出宫中美女，得百八十人。孙子分为两队……乃设铁钺（铁钺：古代军法用以杀人的斧子），即三令五申。
三令五申的意思：三和五都是约数，指多次；令：命令；申：说明，申戒，再三地命令告诫的意思。
孙子，即孙武，春秋时期齐国人，他写的《孙子兵法》是世界上最早的军事著作之一。当时，战乱频繁，为了避乱，他来到吴国，向吴国国君献上自己写的十三篇兵法。吴王看后，特地召他进宫，对他说：“你写的十三篇兵法我全看完了，可以试试你的操练方法了吗？”孙武说：“可以。”吴王又说：“你的操练方法适用于妇女吗？”孙武又说：“可以。”
于是，吴王挑选出宫女一百八十人，孙武把她们分成两队，让吴王最宠爱的两个妃子当左右队的队长，命令她们都列队站好。接着，孙武问大家：“你们知道自己的心、左右手和背的位置吗？”宫女们齐声说：“知道。”孙武又说：“如果我说向前，你们就看心口所向的方向；我说向左，你们就看左手一方；如果我说向右，你们就看右手一方；向后，你们就看背所朝向的方向。”宫女们又应声说“是”。孙武便宣布纪律，设置执法的刑具，并三番五次地讲解号令。然后发出鼓号：向右转！
宫女们大笑，既不按口令要求向右，也不严肃。孙武说：“你们不明白约束，对命令章程不熟悉，这是主将的过错。”
孙武再次反复地强调命令章程，再发出向左转的鼓号。宫女们又大笑。
孙武说：“部署已经明确，解释也透彻，这次仍然嘻嘻哈哈，有章不循，这就是你们不听指挥的问题了。队长要受到军法处分。”
吴王正在高台上观看操练，见要杀他的两个宠姬，急忙派人传下话来，说：“我已经领教了将军操练兵士的严谨作风了，请你不要杀了她俩。”
孙武道：“我既然已经受命为将，将在军，君令有所不受！”当即把两个队长一同斩首，另派两名宫女任队长。再次击鼓传令，结果，宫女们向左向右，向前向后，跪下起身等动作，都符合章程规定，谁也没有违抗命令，而且个个严肃认真。
