明教是由波斯（今伊朗）传入的摩尼教发展演变而成的。因其崇拜光明，奉摩尼教创始人摩尼为光明之神，故称明教。摩尼教于公元3世纪中叶由波斯人摩尼所创，摩尼教传入中国的确切时间是武周延载元年（公元694年）。据《佛祖统记》卷三十九记载，延载元年，有波斯人佛多诞来唐朝，携带摩尼教重要典籍《二宗经》，武则天被佛多诞广博的学识所折服，遂力排众异，留其在宫中讲经。从此，摩尼教开始在中国流行。
唐武宗灭佛（包括一些外来宗教）之后，摩尼教和佛教、道教相融合，同时又和从佛教中分化出来的民间宗教大乘教、三阶教结合，到北宋末期又和佛教净土法门的两支——白莲宗、弥勒教结合，从而成为元末红巾军大起义的一个理论武器。
元明两朝，“明教”一直存在，同时，明教也和其他民间宗教处在不断的融合过程之中。到了清朝，民间宗教思想发展到一个新的阶段，明教思想化入到其他民间宗教的教义中去，明教作为一个独立的教派已不复见于文献。
演化为民间宗教的明教从其思想组成来说和摩尼教多有联系。明教继续以摩尼教的《二宗三际经》为经典。二宗为光明与黑暗，也就是善和恶；三际是初际、中际和后际，即过去、现在和未来。三际的内容就是二宗在过去、现在、未来三个时期的不同表现。
摩尼教认为，在世界创造（中际）之后，黑暗侵入光明王国，并与光明相混同。光明王国的主宰——大明神或大明尊为摆脱世界的黑暗，率领其使者与黑暗王国的主管进行了长期的斗争。在斗争中，大明神创造了原人——人类始祖，但原人被黑暗王国的凶神所败，被投入地狱。大明神为拯救原人，派出其先知摩尼，在摩尼及其宗教的感化下，于世界终末的后际将战胜黑暗，光明与黑暗又恢复各自的王国，彼此分离。
明教的教义显然袭自摩尼教。他们认为，光明与黑暗的斗争，已经经历了明暗各殊、势均力敌的“初际”，发展到当今黑暗压迫光明的“中际”，人们应该助明斗暗，使人类进入明暗各复本位的“后际”。明教尊汉代农民起义领袖张角为教祖，要求明教教徒站在光明的一边，和黑暗斗争，迎接光明的未来。明教把摩尼教的复杂内容简化为“清净、光明、大力、智慧”八个字。
由于明教的“二宗三际”说很容易和现实生活挂起钩来，从而演变为推翻现存政权的现实性力量。所以一到社会危机深重的时候，明教便成为农民起义作为宣传、组织群众的工具。甚至明太祖朱元璋也曾加入过明教，立国后还以“明”为国号，但是当其统治政权建立起来时，就取消了明教的合法地位，禁止它的传播。
