明祖陵在盱胎县管镇东南约8公里的明陵村东北，洪泽湖西岸。这里古称凤阳府泗州城北门外13里杨家墩。明祖陵是明朝开国皇帝朱元璋为祖先修建的陵墓。
朱元璋建立明朝后，于洪武元年（公元1368年）追尊他的高祖、曾祖、祖父、父亲四代为祖皇帝，到洪武十八年（公元1385年）修筑祖陵，葬其高祖、曾祖、祖父三代帝后冠服于此。其父朱世珍陵，则另建在凤阳府太平乡（现安徽风阳县境内）。这是因为朱元璋的祖上曾迁居泗州多年，而其父朱世珍后迁居到安徽风阳。明朝中叶，祖陵常遭水患。清康熙十九年（公元1680年），泗州城被淹没以后，祖陵也就常在水中，并隐没洪泽湖水中达300年之久。
60年代初，由于当地气候干燥，降水偏少，在冬夏之间的一段时间内，洪泽湖水位下降了好几米，湖岸退出一大块。当时考古工作者沿着洪泽湖两岸寻访古徐国遗迹时，经过泗洪县孙大庄大墓头时，发现了露出水面的明祖陵石刻，从而使明祖陵被发现。
在此以前，虽然史籍上记载有明祖陵，但因沉在水中日久，已不被人注意，当时考古工作者还发现陵西约600米远的孙大庄，因为常被水淹，居民早已迁空，这里地面上散布着很多琉璃瓦碎片，范围有100平方米，瓦以黄色为主，并有龙纹的花沿和水滴。庄东南隅有水井一只，井壁是用明代大砖砌的。这些建筑物显然与祖陵有关。
另外，孙大庄西南约半公里，有明陵村，村上居民多姓朱。专家们推测他们也许是原来奉祀官或守陵户的后裔。
1966年，当地文物部门曾筹备整修祖陵，后因十年动乱而被迫中断。1977年起开始筑坝保护，使祖陵露出水面。由于长时间受湖水冲刷，明祖陵石刻及建筑物的基础，均倾覆和毁坏。陵前石刻也都倒伏，有的已断裂或残缺。1980年，文物工作者再次进行修复。 1982年又进行大规模清理。
祖陵原来选址地势相当高，从“杨家墩”地名推测可知。现周围皆为一马平川之地。从土色土质上看，是洪水多次泛滥，长期冲刷沉淀形成的地貌。当初选定陵址的主要原因，一是此地为朱元璋祖父的尸骨所葬之处，二是此地有墩近水，是龙脉所在的风水宝地。
在《泗洪合志•陵墓》和《凤泗记》等书中还记载了一段神奇的故事，说的是：泗州城北30里处，有一块高地叫杨家墩。当时墩旁有一草洼之地，朱元璋的爷爷经常躺在那里晒太阳。有一天，有一师一徒两个道士从墩旁走过，师父对徒弟说：“葬在这墩下，子孙可出帝王”。朱元璋的爷爷听说后，回去告诉了他的儿子朱世珍，朱世珍后来就把他父亲葬在了杨家墩。在这之后，朱世珍的妻子就怀孕了，迁居到安徽后生下了朱元璋。这段记载十分荒诞，无疑是后人杜撰的。但朱元璋的爷爷葬在杨家墩倒是确定的。
