吕祖堂始建于清康熙五十八年，原是供奉仙人吕洞宾的道观，后辟为天津义和团纪念馆。著名的紫竹林、老龙头战斗以及整个天津保卫战的战斗计划都是在此拟定的。现今的吕祖堂被辟为义和团纪念馆，全国重点文物保护单位。
吕祖堂位于红桥区如意庵大街，最初原是匝词堂，进院有山门，前大殿正房六间，东西两侧，各有厢房。前大殿供奉的是吕祖神像，两旁配以药王、药圣。后殿五大间，供奉的是北斗菩萨。后殿西侧，还有个西跨院；三间北房，专供五大仙，因此，也叫五仙堂。
清朝光绪二十六年（1900年）岁次庚子，义和团运动兴起，各地义和团纷纷进入天津，著名的乾字团首领曹福田率领盐山、庆云、静海等县数千名义和团战士到达天津，将总坛口设在吕祖堂内。
著名的“乾”字团首领曹福田率先进入天津，驻扎在吕祖堂。做为前线指挥部。曹福田带兵攻租界，烧教堂，漂漂亮亮地打了几次胜仗，振奋了人心。清直隶总督裕禄慑于其强大的威力和慈禧太后的旨意，奏保奖赏一品顶带花翎，黄马褂，并赐大令一支，可调用兵马。准其在吕祖堂设立总坛口。
于是，吕祖堂成为城内城外义和团的指挥中心——总坛口。庙外高挂杏黄大旗，两侧悬飘“扶清灭洋”等旗帜，甚是威武。各坛首领及红灯照首领黄莲圣母、三仙姑等，凡商议军机要事，演兵习武均在吕祖堂内外，曹福田被拥为大师兄总首领。坛中围桌椅靠，全用黄色缎布，所用器具、庙中道场、法器等皆按总坛口的规矩。义和团所供奉的仙像，各坛口从不统一，有供尧、舜、姜大公的；有供诸葛武侯、关帝的；也有供黎山老母、西楚霸王、梅山七弟兄的。吕祖堂供奉的是关帝、赵子龙，周仓和圣上杨老帅（杨继业）的神像。
义和团每次从吕祖堂出发，开赴前线，总是擂铁鼓，吹大红螺。曹福田骑黄鬃马，身着青棉长袍，腰束红带，头扎黄金，足穿缎靴。腰问别着一小洋枪，手持一秫秸。身后大旗上书斗大“曹字”，侧旗书“扶清灭洋”、“天兵天将义和团”，威风凛凛。抗击洋人打了胜仗归来，老百姓夹道欢呼，并烙“得胜饼”，熬甜绿豆汤，送至庙内，以表庆贺。
新中国成立后，义和团吕祖堂坛口遗址受到各级人民政府的保护。1962年被列为天津市文物保护单位，1982年被列为全国重点文物保护单位。经天津市政府批准，于1985年在吕祖堂内建“天津义和团纪念馆”，1986年1月1日对外接待观众。
