鄱阳湖是美丽的，美丽到人们都希望她的美丽经久不衰、世代相传。但是由于多方面因素，鄱阳湖的生态环境也面临着严峻的挑战，鄱湖儿女忧心忡忡，承载着难以名状的湖殇之痛。
首先，枯水日益加剧，泥沙淤积增多，水土流失严重。由于某些对水资源的滥用和不当使用，加上各类气候变化的影响，鄱阳湖各级的枯水位出现时间大幅提前。拿星子县作为例证，相比1956-1957年10m以下水位枯水期107天，2006-2007年的枯水期则整整增加了50天。相当一部分挺水植物、沉水植物提前枯萎，部分高位洲滩上典型的湿生和挺水植被向沙生植被演替，植物种群正在不断减少，生物多样性受到了严峻的挑战。2006-2007年的严重枯水期，使鄱阳湖大规模缺水长时间使湖区整个水生植被处于枯萎态势，甚至导致部分植被种类的消亡。同时，由于农业化学制品使用的增长、工业企业“三废”排放、沿湖周边有增无减的生活垃圾，使得鄱阳湖岸的土壤肥力正在下降，沙化有明显的扩张之势，这些水土流失还引起频繁的洪涝和干旱灾害，
其次，水质污染，水产资源受到破坏。随着城镇化进程的加快和生产的不断发展，湖区地表径流和五河携带的面源污染、工业废水等排入湖体，鄱阳湖局部水域受污严重，对富营养化进程影响重大，带来的是一连串连锁反应。大量草洲干涸，一些依赖湖区苔草等植物生存的鲤科鱼类无法从草洲获取营养和繁殖的场所，造成鄱阳湖天然鱼类资源有不断减少的趋势，白鳍豚、江豚、鲟鱼、鲥鱼等珍贵鱼类数量大不如前。2006-2007年，天然渔获量只有上世纪中期的六分之一。由于水位偏低、水质欠佳，子湖与外流河湖连通时间非常短暂，进入子湖内的虾、蚌、螺等小型水生动物也只好另觅他乡了，
第三，血吸虫治理难度加大。鄱阳湖优良的草洲湿地生态系统为飞禽走兽提供了温馨的栖息地，洪水到来时又成为鲤鱼、鲫鱼等鱼类良好的产卵场，但这一时期也是血吸虫的中间寄主钉螺孳生适宜期，致使沿湖地区成为我国血吸虫病最严重的流行地区之一。洪涝期间，大量人畜拥挤地躲在并不干净的场所，洪水过后又受到残渣粪便的侵害，导致血吸虫病等流行性疾病广为传播，严重干扰了湖区的生产作业。鄱阳湖的水位变化也是影响钉螺生存的重要因素，4-10月是最易受到感染的时段，居民在这个时期都要上洲滩捕鱼捕虾，加上人们在洲上打湖草、放牧、种植和收割芦苇，从事一系列农事活动，受到血吸虫侵袭的概率不可避免地要大大提升。历经40余年的积极防治，湖区疫情有了大幅度的缓解，但目前钉螺面积和血吸虫病患者依然还有相当的数量，加上虫患本身抗药性的增强，更加大了治理的难度。
